Kada se u srpsku agresiju na Hrvatsku potkraj ljeta 1991. otvoreno uključila i Jugovojska sa svojom ratnom mornaricom, koja je od rujna do studenog triput blokirala hrvatske luke hrvatske su snage blokirale vojarne i vojne objekte.

Prva blokada počela je 17. rujna 1991. kada su se ratni brodovi s gornjim vrhovima pojavili pred najvećim hrvatskim primorskim gradovima i lukama. Njezino je zapovjedništvo zaprijetilo kako će svaki brod koji pokuša isploviti biti napadnut i potopljen.

Tih dramatičnih dana jugovojska i srpski odmetnici postigli su samo djelomičan uspjeh. Iako su im dijelovi zaleđa bili okupirani, dalmatinski su se gradovi uspjeli oduprijeti agresorima. Zato ih je trebalo dodatno blokirati i napasti, a Dalmaciju dovesti u potpunu prometnu, gospodarsku i vojnu izolaciju. U posebno su se teškom položaju našli hrvatski otoci jer je njihova opskrba ovisila o pomorskoj povezanosti s drugim otocima is obalom.

Međutim, jugomornarica "bez kopna i bez plivača", kako su je ironično nazivali hrvatski branitelji, bila je vrlo ranjiva. Nakon što su oslobođene pojedine pomorske baze od Ploča, pa do bitnica obalnog topništva na Žirju i Zečevu, njezini su brodovi imali sve skučeniji manevarski prostor. Napadi na gradove Šibenika, Zadra i Splita, te pokušaj invazije na Šoltu bili su porazni za agresorovu flotu.

U bitci u splitskom kanalu u studenom 1991. hrvatska je vojska koordiniranim napadima s obale i otoka potpuno porazila jugoslavensku mornaricu. Istodobno su pomorsku blokadu oko Dubrovnika neprekidno probijali gliseri Odreda naoružanih brodova i humanitarni konvoj Libertas. Do konca 1991. jugomornarica je doživjela potpun neuspjeh te se okrnjena is oštećenim brodovima morala povući u crnogorske luke.

U proljeće 1992. njezini izolirani i bespomoćni ostaci napustili su Vis i Lastovo, svoja posljednja uporišta u Hrvatskoj. Time je na cijelom hrvatskom Jadranu zavijorila hrvatska zastava.