Mnogo toga se vrti o povijesti Milorada Pupovca za vrijeme Domovinskog rata. Najviše ga se dovodi u svezu s nestankom dr. Ivanom Šreter na pakračkom bojištu. Poznata je njegova uloga pregovarača sa Slavkom Degoricijom, a vezano za razmjenu dva liječnika za dr. Ivana Šreter. U knjizi “Nije bilo uzalud”, otkriva laži Milorada Pupovca, jer po saznanjima u to vrijeme, Ivan Šreter već je bio izmasakriran. Nimalo upitno, kako je Pupovac došao do Veljka Džakule. Pakrac je bio u okruženju, a Milorad se slobodno kretao po okupiranom području. A imao je "posebnu" iskaznicu.

Koju to ulogu u Domovinskom ratu ima Milorad Pupovac, čija su oba brata bili pripadnici četničkih postrojbi? On, kao razvodnik tzv. JNA, po nekim izvorima ima čin pukovnika HV-a, ali oko toga puno je tajnovitosti. Politička volja je ta da se o Mići ne smije ništa znati. Je li osoba sa statusom hrvatskog branitelja i vojnim činom, a nije pripada niti jednoj vojnoj postrojbi, naravno Hrvatske vojske ili MUP-a. 

Sve u režiji HDZ-a, valjda od početka rata, pa tako kako bi Pupovcu 'vratila uspomenu i sjećanje', Naša stranka koju su osnovali bivši članovi SDSS- a na čelu s Jovanom Ajdukovićem podsjetila je da je Jadranka Kosor na temelju uredbe hrvatskog predsjednika unaprijeđena u čin pričuvne brigadirke HV-a. Istodobno, smatraju da je Pupovac kao saborski zastupnik Hrvatskih socijaldemokrata u listopadu 1995. godine dobio spomenuti čin, ali ne zbog zasluga u borbenom sektoru, već zbog "nekih drugih zasluga u prvom redu kao Tuđmanova podobni Srbin ". Volio ga je i Stipe Mesić, stoga donosi:

PREDSJEDNIK REPUBLIKE HRVATSKE
911

Na teme­lju članka 97. Ustava Republike Hrvatske i članka 2., stavak 1., Zakona o odlikova­njima i prizna­njima Republike Hrvat­ske (»Narodne novine« broj 20/95), a na prijedlog Državnog povjereništva za odlikova­nja i prizna­nja, donosim

ODLUKU
kojom se odlikuju

REDOM HRVATSKOG PLETERA
za osobit doprinos razvitku i ugledu Republike Hrvatske i dobrobiti ­njezinih građana

1. ĐURO ČOVRAN

2. MILAN ĐUKIĆ

3. dr. sc. BORIS FRANUŠIĆ

4. LUKAS NOLA

5. prof. dr. sc. HENNING OTTMANN

6. GALLIANO PAHOR

7. dr. sc. MILORAD PUPOVAC

8. FRANJO RUPČIĆ

9. mr. sc. IVO ŠKRABALO

10. MARIJA ZVER

Broj: 01-051-01-16-2/1
Zagreb, 24. svib­nja 2001.

Predsjednik
Republike Hrvatske
Stjepan Mesić, v. r.

 I onda se mi danas čudimo zašto toliko privilegija drugu Mići, koji ne slavi VRO "Oluja" već odlazi tamo preko, ma niti jedan državni praznik ili pobjedu u Domovinskom ratu, ali kao političar dobar je trgovac i koalira uvijek s vladajućima, bez obzira na stranačke boje. Svima je dobar, a on to dobro naplaćuje, jer je uvijek ugrožen samo je pitanje od koga.